宝善庄南与瀛海镇的四合庄接壤，西与瀛海镇的钱庄子（现为南海子公园）相连。据《大兴县地名志》中记载，宝善庄是由宝善庄、清合庄和力田庄三个小庄子组成。经走访当地老人听闻，其实宝善庄不止由这三个庄组成，据说还有李庄子、宝隆庄、康庄子、朱庄子、岳庄子、三义庄、同合庄和乐耕庄等数个小庄子。只因大多是仅有一两户人家的小庄子，后来都拆小并大而相继消失了。在这些庄子中，最大的当数宝善庄，在民国时期的北京城南地图上，就标有宝善庄。

　　清光绪二十八年（1902年），官准南海子招佃垦荒。一位叫吕二的皇宫差役（估计也不是一般差役）择址在此置地建庄，定名“宝善庄”。在宝善庄园里，曾建有棋盘心五高两矮两厢的四合院。

　　清合庄是并入宝善庄的主要庄子，其位于宝善庄的北侧偏东，这里原本是南海子的“六号”位置。在一张绘于清末的《南苑图》上，南海子里以“号”为地名的，仅标有这个“六号”。清宣统年间，有一京城布商胡氏在此置地建庄，始称“清合庄”。从此，“六号”地名才被埋没了。

　　在清合庄东侧原有个李庄子，这里居住有李姓、杨姓、周姓、黄姓几户人家，后来又陆续迁来王姓、许姓等人家，也大多是到南海子里扛活而来自河北、山东地区的农民。后来，李庄子并入了清合庄。到上世纪80年代初，宝善庄西侧的立田庄、康庄子、三义庄、同合庄、乐耕庄等数个小庄子里的孔、张、李、韩等姓人家也都相继迁入到了清合庄或宝善庄，最终形成了宝善庄一个行政村。

　　1960年，南郊农场（红星公社）占用清合庄土地建起了鹿圈牛场，将26户清合庄村民划归了鹿圈牛场。

　　本世纪初，因北京经济技术开发区征用，宝善庄的村民移居到原村南侧新建起的“南海家园”社区。在原村址的西侧，已建起了南水北调东干渠蓄水池和亦庄水厂。