南海子地域，由于水美草丰，历来就是牧马养牲之地。早在隋唐时期，这里就成为朝廷牧养军马的好地方。在南海子东南侧凉水河畔，据说当时这里分养着成群的马驹，因此称之为马驹里。养马人为了渡河方便，就在凉水河上搭建了一座木桥，才始称马驹桥。

　　明永乐十二年（1414年）建南海子皇家苑囿后，在苑内牧马仍是一项重要功能。明代著名诗人欧大任在《至南海子诗》中就写有“敕使日调沙苑马”的诗句。而“沙苑”即是隋唐时期朝廷牧养军马的重要场所。诗人将南海子牧马与沙苑相提并论，可知明代南海子也是朝廷牧马的地方。

　　清廷入主中原，由于满族本是马背上的民族，无论是行围狩猎还是行军打仗，马匹绝不能缺。因此，清廷规定：凡从军者，无论兵种，均一人一马。史料记载，仅京城御马厩就有十六处：禁城四厩，皇城内五厩，京郊七厩。而京郊七厩中，除西郊安河村一厩外，其余六厩均在南海子，南海子可谓是清廷牧养御马的主要基地。

　　史料记载，康熙皇帝的御马即喂养在南海子御马厩中。时任康熙皇帝随扈大学士张英在一首南苑纪事诗中写道：“天闲晚向柳荫开，铁驷花骢尽上材。牵向御前都记忆，何年贡自渥洼来。”并在诗注中写道：“上幸南苑，马厩良马甚多，一一记其所贡之人。”

　　清中期前南海子所设六处外厩中，所育养的主要是皇帝骑乘的御马，而皇城内厩喂养的马匹，每年四月至十月草盛季节才进南海子里放青，数量并不是很大。另外，为了使南海子草场有计划地适度放牧，清廷还对南海子内各级官吏个人蓄养的自用马匹及牛、羊数量上有严格控制。

　　据《总管内务府现行则例》记载：“康熙十一年四月奏准南苑官员人等在南苑内牧放马牛，凡笔帖式领催等每名准养马三匹；听差人准养马二匹；九门章京准养马五匹、乳牛二头；马甲准养马三匹；厩长准养马三匹、乳牛二头；厩副厩丁准养马二匹；庄园头准养马十匹、牛三十头。”另据乾隆十五年（1750年）奏准，喀尔喀蒙古族首领博尔济吉特氏“拉日王多尔济准在南苑牧放马匹只准牧放三十匹以内，索特呐木多布齐只准牧放二十匹以内，吗呢巴达拉亦只准牧放二十匹以内”。可见当时清廷对南海子牧放马匹数量控制之严。

　　到了嘉庆时期，南海子（南苑）六马厩仍承担着圈养官马（主要是御马）的任务。不过，随着宸游减少，管理开始松弛，竟发生有大量私马官养的弊端，其中内务府总管大臣丹巴多尔济竟将家马一百二十余匹在南海子（南苑）马厩中喂养。被查出后，受到了嘉庆皇帝的惩处。

　　至道光时期，内忧外患严重地威胁着大清帝国。特别是英帝国的军舰在江苏沿海一带活动十分猖獗。清廷派兵抗英却连连失利。道光皇帝急调兵防堵。为了加强牧养军需马，道光皇帝特将南苑原有六个御马厩裁撤了二厩。

　　到咸丰时期，国事日艰。既要抵抗外夷入侵，又要面对太平天国义军。因此，军队所需马匹更为紧迫，南海子（南苑）成为调集放牧军需马的主要牧场。据《咸丰朝实录》记载，咸丰八年（1858年4月），谕军机大臣：“调察哈尔备用马二千匹，迅解南苑牧放，并令另选马二千匹备用。”是年七月又谕：“现在金陵贼巢未克，江北防贼剩吃紧。此时天津防务较缓。着僧格林沁，于所带马队内挑选三、四百名，酌拨马队二百名，所请另拨马二百五十匹，即由南苑捐输马圈拨给，僧格林沁等，所派马队官兵，赴南苑领取，带往浦口也。”仅过一个月，因僧格林沁嫌所调马匹质量不好，咸丰皇帝又谕曰：“现在南苑牧放马匹，屡次调拨，膘壮者亦少。着该署部院，即在太仆寺牧群并捐输马匹，挑选膘壮马八百匹，迅速派员解京，交南苑，以备牧放。”

　　另据《内务府来文》记载，从咸丰十年（1860年）十月二十五日起至十一年（1861年）三月二十日止，南苑累计喂养军需马六万一千九百二十七匹。还曾有从南海子（南苑）一次就调出一千四百匹的记载。该史料中还记载同治二年（1863年）九月二十七日至同治三年（1864年）三月三十日“共合计喂养军需马二万八千八百一十九匹”和同治七年（1868年）夏秋二季“南苑出青牧军需马二万六千四百九十二匹”。

　　以上记载说明，清晚期南海子（南苑）育养御马已成次要，成为了朝廷牧养军马的重要基地。